Il est spécialiste de l’histoire des animaux, de l’histoire du point de vue animal et de l’histoire des relations hommes-animaux. Après une thèse focalisée sur l’histoire des représentations animales dans le discours ecclésiastique de 1600 aux années 1980, il a interrogé les pratiques humaines de l’animal (La Corrida 1995 ; Zoos, histoire des jardins zoologiques en occident, 1998), les conditions d’existence des animaux au sein des sociétés occidentales (Et l’homme créa l’animal, histoire d’une condition, 2003) ainsi que la présence sociale des animaux au sein des sociétés humaines occidentales contemporaines (La Société des animaux, de la Révolution à la Libération, 2008). En mettant au cœur de son approche historique la question du vécu, des ressentis, les comportements des animaux, E. Baratay propose de repenser l’histoire du point de vue des animaux et non plus seulement de celui des hommes qui les côtoient, posant ainsi les fondements d’une histoire proprement animale, qui est éthologie historique autant qu’histoire de l’éthologie (Le point de vue animal, une autre version de l’histoire, 2001). Aujourd’hui, E. Baratay prolonge la singularité de son approche historique en ajustant la focale sur les trajectoires de vie spécifiques et les destins exceptionnels de certains animaux, mettant en avant la façon dont ceux-ci ont pu faire l’histoire (Biographies animales, 2017).