Spécialiste à l’origine de l’histoire sociale et culturelle de l’Europe à l’époque moderne, il a réfléchi aux politiques linguistiques mises en œuvre pendant la Révolution française dans Une politique de la langue : la Révolution française et les patois. L’enquête de Grégoire (Paris, Gallimard, 2002 [1986]), co-écrit avec Michel de Certeau et Dominique Julia.

Figure majeure de l’historiographie française des dernières décennies, il a été l’un des introducteurs en France de la micro-histoire. Il a proposé une réflexion d’ampleur sur ses enjeux épistémologiques dans deux ouvrages collectifs qu’il a dirigés (Jeux d’échelles: la micro-analyse à l’expérience, Paris, Gallimard / Le Seuil, 1996 et, avec Jean-Claude Passeron, Penser par cas, Paris, Éditions de l’EHESS, 2005). Un recueil collectif dirigé par Antoine Lilti, Sabina Loriga, Jean-Frédéric Schaub et Silvia Sebastiani a récemment été consacré à son œuvre (L’expérience historiographique: autour de Jacques Revel, Paris, Éditions de l’EHESS, 2016).