Thomas Brignon a placé au cœur de ses recherches les missions jésuites au Paraguay entre le XVIIème et le XVIIIème siècles, sujet auquel il consacre sa thèse, Entre le Bœuf et le Jaguar. Une histoire des relations anthropo-zoologiques dans les missions jésuites des Guarani (Paraguay, 1687-1737). Thomas Brignon a publié de nombreux articles, en langues française et espagnole, sur  la réception des concepts religieux chrétiens en langue guarani.

En particulier, le prosélytisme jésuite offre un champ fécond à l’analyse de la traduction des énoncés espagnols en guarani, développée par Thomas Brignon notamment dans son article « Du copiste invisible à l’auteur de premier ordre. La traduction collaborative de textes religieux en guarani dans les réductions jésuites du Paraguay » (Sociocriticism, vol.33, n°1-2, 2018, pp.299-338).